主なトラブル
2006年7月12日、柏崎刈羽原子力発電所で初めて、作業員が一日で受けても良い「計画線量」である0.8ミリシーベルトを超える1.03ミリシーベルトを被曝していたことが分かった[45]
（注：ただし、この計画線量は東京電力が所内での作業毎の管理基準として独自に定めているものであり、健康上及び法令上問題のある数値ではない。現に他発電所においては、作業内容により1日の管理基準を2.0mSvとしているケースもある。）
2009年4月11日、予備品倉庫で火災が発生した。2007年度の中越沖地震以後、これで9回目。柏崎市消防本部によると、何らかの原因で空調機のモーターや配線が過熱した可能性が高いという。新潟県知事泉田裕彦は、運転再開について新潟県議会に諮る予定であったが、延期すると発表した。
2013年10月16日、5号機で一部の燃料棒が接触していることを確認[46]。
2020年9月下旬、社員Bが入室IDカードを紛失し、当日未出勤の社員Aの入室IDカードを無断で使用し、中央制御監視室に出入りしていたことが発覚、原子力規制委員会にも報告が遅れたことが発覚した[47]。
2021年3月16日、テロリズム対策に関わる侵入検知装置が、長期間機能喪失に陥っていたことが発覚し[48]、原子力規制委員会が、問題の重要度を「最悪」と評価したことに対して、東京電力HD社長小早川智明が謝罪した[49]。2021年4月14日、原子力規制委員会は東京電力HDに対し、状況の改善が追加検査で確認されるまで、柏崎刈羽原発内で核燃料の移動を禁じる是正措置命令（命令は原子炉内への核燃料装填も禁じるため、命令が解除されるまで発電できず、再稼働は不可能になる）の行政処分を下した[50][51]。
2021年6月9日、2021年1月に完了したと発表していた7号機の安全対策工事で未完了が相次いで発覚し、総点検をしていたが新たに約70件が完了していないことがわかった[52]。