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ドームの運営は札幌市の第三セクターである『株式会社札幌ドーム』が行っている。リース料に加え広告、グッズ販売、飲食など興行時のドーム内の収入が入る契約で、その額は年間20億円超と言われる。球団は値下げならびに一部収入の分配額変更などを要求したが、逆に市は値上げを実施した。

またロッテがZOZOマリンスタジアムで行って成功している指定管理者制度の採用も提案したが拒否された。移転が現実味を帯びると市は慌てて妥協案を提示したが遅かった。