多分
澄むの対になる言語は「濁る」であって
この二つを並べた場合
澄むは良いこと（優等）で濁るは悪いこと（劣等）だ
っていう想像が無意識・背景にあるから
上澄みって言葉に優れてる（何かの対する上位）ってニュアンスを強く感じるんじゃねえかな