まず前提として世界政府はゴムゴムの実が特別な実だと知られたくない
だから木っ端ルーキー時代のルフィに大将派遣するとか過剰な対応すると何か秘密があるかもしれないと勘繰る奴が出てくる可能性がある

そして悪魔の実は能力者が死ぬと世界のどこかで復活するから覚醒の条件を満たしている強者に渡る可能性がある
下手に殺すよりは実力がないルーキーが能力者だった方が都合が良い