あの戦いから3年。地球圏は混迷のさなかにあった。人類に絶望したアスラン・ザラはネオザフトとして蜂起、地球にプラントを落とすことを宣言。しかし、ネオザフトの在り方に疑問を抱いたアスランは突如として離反、オーブ軍に加入し、人類滅亡を防ぐために戦うことを決意する。