世界が滅びかける
→ヒグマ（ラスボス）が世界再興を進めながら生き残った人類を保存する研究を開始
→ヒグマがイシノメ（ウィル）と出会ったことでサーバが安定し、人類の生命維持と意識の保存に成功
→ヒグマが当初の目的を見失い、長生きと自身がウィルになる目的のためにクローン技術を確立させ、自身のクローンを量産
→テルトが王に勝ち、現実に意識が戻ったことで新京都の真実を知る
→王として囚われたキッカの願いからさくら（ウィル）が新京都に誕生
→本編
→テルトがヒグマに勝ち、全員現実に戻り、ウィルであるイシノメとさくらも現実に受肉

ざっくりこんな感じでええんかな