そもそも萌えアニメのストーリーが一概に質悪いって前提からしておかしいよな
美少女ものってその美少女がいかに映えるかっていうのを念頭に置いてそのための展開や演出をするからな

それだけじゃなく恋愛物のシナリオとバトル物のシナリオ、勇者系のシナリオやなろう系然り
本来それぞれ何を魅せるためのシナリオなのか全然別物だから
一概に単一的な基準で評価できない