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そして，会員の公選制から任命制への制度改正によって，学術会議の会員
人事への政府の介入が懸念されたところ，改正法案審議の過程において，内
閣総理大臣の任命行為の性質が繰り返し取り上げられ，政府は一貫して，内
閣総理大臣が行うのは形式的任命にすぎず，学術会議から推薦された会員候
補者をそのまま任命する旨の答弁を重ねた。
すなわち，「これは全く形式的任命である」「２１０名出てくれば，これは
そのまま総理大臣が任命するということ」（１９８３年５月１２日参議院文
教委員会手塚康夫政府委員答弁・会議録７頁），「２１０人の会員が研連から
推薦されてまいりまして，それをそのとおり内閣総理大臣が形式的な発令行
為を行うというふうにこの条文を私どもは解釈しておるところでございま
す。この点につきましては，内閣法制局におきます法律案の審査のときにお
きましても十分その点は詰めたところでございます」（同日同委員会高岡完
治説明員答弁・会議録１５頁），「政府が行うのは形式的任命にすぎません。
したがって，実態は各学会なり学術集団が推薦権を握っているようなもので，
政府の行為は形式的行為であるとお考えくだされば，学問の自由独立という
ものはあくまで保障されるものと考えております」（同日同委員会中曽根康
弘内閣総理大臣答弁・会議録３４頁），「内閣総理大臣による会員の任命行為
というものはあくまでも形式的なものでございまして，会員の任命にあたり
ましては，学協会等における自主的な選出結果を十分尊重し，推薦された者
をそのまま会員として任命するということにしております」「ただ形だけの
推薦制であって，学会の方から推薦をしていただいた者は拒否はしない，そ
のとおりの形だけの任命をしていく，こういうことでございます」（同年１
１月２４日同委員会丹羽兵助総理府総務長官答弁・会議録１２頁・２３頁）
等，極めて明確なものであった。