クロコダイルはアラバスタの雨を枯らす為に能力の大半を使っていた(覚醒による天候操作)
ダンスパウダーは国王軍が雨を奪っていると見せかけ反乱を誘発するために使っただけ

こう考えればクロコダイルがルフィに負けた説明はつくと思う
実際、クロコダイルが負けた瞬間に雨が降り出したから、天候に対するクロコダイルの支配が解かれたと解釈できる

ワイの考察どう？、