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『耳をすませば』の制作中に近藤と宮崎の間では何度も衝突があり、時には宮崎が演出の変更を求めたり脅すようなこともあったという。近藤の没後、このことについて宮崎は「自分が終わりを渡してしまったようなもの」と語っている[要出典]。

一方、鈴木敏夫は2018年のインタビューで、生前の近藤から「高畑さんは僕を殺そうとした。高畑さんのことを考えると、いまだに体が震える」という言葉を涙とともに聞いたと述べている[11]。鈴木によると、葬儀の際に火葬場で関係者が待つ間、あるベテランアニメーターが「近ちゃんを殺したのは、パクさん(引用者注:高畑勲の愛称)よね」というつぶやきを漏らし、間を置いて高畑は無言でうなずいたという[11]。