悪魔の実ってDの一族が天竜人に対抗するために作り出した古代兵器の一種じゃないんか？
天竜人＝神
Dの一族＝神の天敵＝悪魔

悪魔(Dの一族)の実

そんでおそらくやけど実そのものを作り出した訳や無くて、人体改造して能力者を増やしていったんや
ここからは有名な考察やけど先に能力→それが実になった。
創り出された能力者を率いて天竜人と戦うも敗北。クローバー博士曰く「とある巨大王国(Dの一族の国)が跡形も無く消されている(古代兵器で消された)」→世界政府創成→現在に至る

ブルックの存在によりワンピース世界には魂が存在していることは明らか。滅ぼされたときに死んだ能力者の魂が世界中に散らばり、果実に宿っている。
悪魔の実に意思が宿っているのはこれで説明つくし、何度もリポップするのは実になった能力者が魂だけになっても打倒世界政府を諦めていないから。悪魔の実の能力者が海に弱いのは実になった能力者本人が国ごと古代兵器で海に沈められたトラウマを思い出すから。