1996年9月11日、上田は記者会見を開き、長女と次女が統一教会（現・世界平和統一家庭連合）に入信したこと、2人を脱会させようとして失敗したこと、娘を脱会させることを誓って日本ハムの監督を引き受けた経緯があることなどを明かした。その上で「自分の娘も止められない人間がチームを引っ張っていけるわけがない」と述べ、監督を辞任する意思を表明した。持田三郎社長は「上田監督は球団のイメージダウンになると言うが、そうは考えていない」と述べ、上田に復帰を求めた。その後はオリックスに優勝をさらわれ2位に終わったが、同年オフに、辞任はせずに復帰した。