オモダカはポケモンリーグの開発した戦闘用AIロボットで最強のトレーナー　実はポケモンリーグ自体が悪の組織
博士はオモダカの開発者で息子であるペパーのマフティフが傷ついたのはオモダカのAI用に戦闘データ取るためにバトルしたから
ネモの両親はポケモンリーグ関係者でネモは悪側の人間　戦闘狂なのもポケモンリーグでひたすら戦闘だけを教えられて育ったから
カシオペアの正体は校長でスター団幹部と協力し一緒にポケモンリーグを倒していく
ラスボスは操られたコライドン（パッケージと反対の方）