というかそもそもミラコラのライドフォルムとかバトルフォルムとか難しい事を実装する必要なかったよな

+ボタン押したらミライドンという名前の自転車に乗れる
ストーリー終盤でポケモンの方のミライドンが手に入る
ポケモンの方のミライドンが手持ちに居ようがボックスに居ようが+ボタン押したらミライドンという名前の自転車に乗れる

内部のシステム的にはこれで済む話やん