2000年代に入ってから、PL学園野球部内で発生した不祥事が次々と明るみになりました。
2001年には、上級生が下級生をバットで殴っていた問題が発覚し、高野連によって6ヶ月の対外試合禁止処分が下されています。
2008年には、当時の藤原弘介監督が野球部員に暴力を振るったのが問題になり解任処分を受けています。
2011年には部員による部内暴力や喫煙問題などが発覚。対外試合禁止処分が下されてます。
2013年2月にも上級生（2年生）4人が下級生（1年生）1人に対して野球部寮内で殴る蹴るの暴行を加えて重傷を負わせ救急車で搬送されるという事件が発生し、またしても6ヶ月の対外試合禁止処分が下されています。

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