2011年3月11日に発生した東日本大震災によって被災した。発災当時、全校児童300人のうち240人が校内に残っていたが、地震直後より教師の誘導のもと裏山の日和山に避難を開始した。下校したあとで戻ってきた人数を含めて275名の児童が避難した。
児童の保護者らも迎えに学校に来ていたが、安全が確認できないとして保護者も山に登らせた。校舎には新たに避難してくる人を誘導するために4人の職員が残っていた。やがて住宅や電柱をなぎ倒して津波が押し寄せてきたため、校舎に残っていた40人の住民と職員も急いで山に避難した。
門脇小学校では、かねてより裏山への避難訓練が実施されていた。そのため、未曾有の大地震があった際の意思決定でも揉めることなく、教師・児童・保護者に至るまでスムーズに避難が行われた。震災により、すでに下校していた児童のうち7名が死亡したが、在校していた児童は全員無事であった。
適切な避難ができずに過半数の児童が死亡した石巻市立大川小学校とは対照的な結果となった[2]。

同じ市内の門脇小学校の例やけどここまで差が出るもんかね