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新井貴浩（阪神タイガース）：腰痛の完治に専念するため。「中途半端な状態で受けられるものではない」とコメント。

矢野輝弘（阪神タイガース）：右ひじの遊離軟骨除去手術を受けることになったため。

松井秀喜（ニューヨーク・ヤンキース）：9月に左ひざの関節から剥離した軟骨を除去する手術を受け、3月に完調に戻るのは難しいと見られ、辞退。また松井が辞退を表明する以前から球団GMのブライアン・キャッシュマンが、球団として完調しない松井をWBCへは出場させない意向を示していた。後日「自分も出場したかったし、今日までその思いは変わらなかった。ただただ申し訳ない気持ちでいっぱいです」とコメント[41]。また、原監督は登録締切直前までの状況を見て、松井を登録するかどうかを判断したが、松井の「WBCには間に合わない」との見解により、登録が断念された。


黒田博樹（ロサンゼルス・ドジャース）：調整上の理由により辞退。WBCの出場へは前向きであったが、シーズン中痛めたことのある右肩の状態を考慮により、WBCに対する調整が難しいと判断、「シーズンに向けて調整したい」との意向により[42]。


斎藤隆（ボストン・レッドソックス）：1月10日に、ドジャースからレッドソックスへの移籍が決定、同球団と相談し辞退。「これからもジャパンの一員として、できることがあれば何でも協力したい」とコメント[43]。