シンジとマリは別にカップルになったとかそういうのではないやろ
あの駅シーンって描写的にシリーズの一番最初でミサトさんがシンジ迎えに来たシーンの対比っぽいからミサトさんみたくあの世界でシンジを導くポジションなんちゃうんか