SHOCKERは世界征服を目論む某国の政府組織で、先の大戦で統治下に置いた日本人を改造人間の実験台にしている。日本の権力中枢に根を張り数十年に渡り絶大な権力を握っているため、その正体は国家ぐるみで隠蔽されている。

大学生の本郷猛は能力の高さが恩師である大学教授の緑川博士からSHOCKERに伝わり、改造手術の被験体として拉致される。しかし組織を裏切った博士の協力により洗脳寸前で救出され、強化された肉体と高性能バイク「CYCLONE」を使い研究所を脱走。道中に組織のヒットマンで改造人間の「蜘蛛(クモ)」に襲われる。