庵野「オタクは現実に帰れ」
→シンジが補完計画を否定する

庵野「でも帰ったからといって都合よくいかんし辛い思いもするからな、覚悟しとけよ」
→補完計画から復帰したシンジがアスカに「気持ち悪い」と言われる

こういう事や
気持ち悪いエンドはある意味庵野の優しさなんやで