コズミックイラ84年、ガンダムによる武力介入で戦争の根絶を目指す私設武装組織「プラント」が活動を開始した。組織は一時壊滅の危機を迎えるが、純粋種の羽クジラへ進化したキラヤマトの活躍で復活。地球連合の政治は正常化し、真の平和を手にする。そして、それから2年後の西暦2314年、130年前に廃船となっていた生体反応の無い木星探査船が地球圏に接近。ついに人類の存亡をかけた戦いが始まろうとしていた。