あのスタンド設定が意味不明すぎるんだけど、実はあのスタンドが黒幕という説は無いかな?
スーパーハッカーは別人格
同僚がやたら協力的なのは、別人格の以前から協力者が同僚だからで、同僚を頼るのも最初からシナリオ通り
何故こんなことをするのかは今から過去編とかで語られそうだけど

別人格がテロ組織と繋がっていたらバッドエンドしか無いので、実は子供の頃にテロで両親を失って
その時のショックで別人格が生まれて、テロ組織へ復讐するために動いているとか