今作の黒幕は校長

過去を改変してかつて救えなかった仲間 ネルケを救うために事件を起こす
パルデアの大穴はクラベルの過去改変実験により出現
ネモは強いヤツと戦えるからという理由で校長側につく→最後は主人公を先に行かせるためパラドックスポケモン10匹を食い止める
ナンジャモは死ぬ