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プロ入り拒否宣言を行い、駒澤大学進学が内定していた城島健司を、ドラフト1位で指名。
駒大にも内密でことを進めたため、駒大野球部監督・太田誠は「今後ダイエーに選手を入団させない」と激怒した。根本は駒大ともめることをあらかじめ想定しており、当初スカウトからの指名リストに入っていなかった駒大の本間満も併せて指名している（同ドラフトは巨人と駒大の河原純一争奪戦になっていた）。
小久保裕紀・井口忠仁・松中信彦などトップアマチュア選手を、親会社をも動かし、逆指名制度を最大限に駆使して獲得。
中日がギリギリまで上位指名で獲得を目指し、井口獲得が絶望的になった際には1位指名候補であった九州共立大学の柴原洋は、「ホークス以外ならばローソン（当時ローソンはダイエーグループ。2002年に野球部は廃部）に入る」と発言。西武・プリンスホテルの関係と同様の方法で囲い込みを図り、逆指名入団の井口・松中に次ぐ3位で指名を実現する[注 8]。