フォトントルピード自体、両作品の監督である富野監督が考えた「月光蝶を破る兵器」なので、月光蝶とフォトントルピードがぶつかったらフォトントルピードが勝ちます。
月光蝶のナノマシンがフォトントルピードに呑まれて消滅するでしょう。