完成後も丹那トンネルからは大量の地下水が抜け続けており、
かつて存在した豊富な湧水は丹那盆地から失われた。
例えば、湿田が乾田となり、底なし田の跡が宅地となり、
7か所あったワサビ沢が消失している[7]。