3つ目の懸念は工事で発生する残土です。

トンネル工事では370万立法メートルもの残土が発生します。このうち、最大の残土置き場となる燕沢付近では18ヘクタールの面積に65メートルの高さで盛り土する計画です（駿府城公園の広さ・16階建ての県庁東館の高さ）。
このことから、県は18ヘクタールの土地改変による生態系への影響や盛り土の安全性、自然由来の重金属などを含む発生土の水質への影響について、懸念を示しています。