たぶん経緯としてはこんな感じかな。
・去年６騎手のスマホ使用が発覚し、騎乗停止処分があった。
・JRAは内部的に調査を行い、正直に言えば今回は内々に厳重注意で済ませるからと言って各騎手にヒアリングを実施。
　藤田騎手は数回ジョッキールームでスマホを使用したことを申告、JRAは２度と行わないようにと厳重注意を行った。
・文春で藤田騎手の過去のスマホ使用が発覚、JRAは先に処分した６騎手との整合性がとれなくなるため、ばれた以上は藤田騎手を騎乗停止にするしかなかった。
・藤田騎手は話が違うと激怒し、辞表を提出（今に至る）