光和4年。“奇蹟の明日”以降、国家間による大きな争いは無くなり、世界は平和な日々を歩んでいた。しかし、争いが根絶されたわけではない。争いがなければ生きていけない者、争いによって富を得たい者、そもそも争いを望む者たちなどによって、どうしても争いの芽は生まれてしまう。そんな争いの芽を摘み取り、争いを未然に防ぐための組織があった。その名は“イザヨイ”。かつて超合集国の議長を務めた皇神楽耶によって創設された特務機関である。
イザヨイに所属する宗賀ハクバは、エージェント新月としてアシスタントのサトリとともに、謎の黒いナイトメアフレーム、ピュアエレメンツGを追う。
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