その後、舛岡は自身が発明したフラッシュメモリの特許で、東芝が得た少なくとも200億円の利益のうち、発明者の貢献度に応じて受け取るべき相当の対価を40億円とし、その一部10億円の支払いを求めて2004年3月2日に東芝を相手取り、東京地裁に訴えを起こします。2006年に東芝との和解が成立、東芝側は舛岡に対し「8700万円」を支払うこととなりました。