アニメの視聴率は低下の一途をたどっており、テレビ東京やShoProの協力のもとYouTubeでの見逃し配信など、各種動画配信サービスでの発信を強化しているものの、テレビ放送が作品の根幹である限り、スポンサーとの関係でも視聴率の問題を無視することはできない。
課題の 1 つは、アッシュのキャラクターを「リセット」 (つまり、毎回レベル 1 から開始) できなくなったことです。そのため、子どもたちがまるで自分の経験であるかのようにストーリーに感情移入することが難しくなっています。観客が主人公の成長に感情移入できるようにすることが常に望まれていましたが、最近では、アッシュの代わりに他のキャラクターがその役割を引き受け始めています。
一方で、長年のファンからは「サトシはいつポケモンマスターになるのか？」という疑問がずっと残っていました。長年同じ主人公だったサトシに大きな成長を見せることの難しさも明らかになりました。その解決のために『ポケットモンスター サン・ムーン』のような長期的なストーリー展開のないシリーズを制作しましたが、個々のエピソードを展開することが難しくなってしまいました。
さらに、キャストに関する懸念もあります。具体的には、松本梨香さん（アッシュの声優）をめぐるリスクがありました。その他の環境問題もあります。