静岡
・大井川水系の流量保証問題
・水系の環境保護問題

愛知
・リニア駅の地盤が脆弱で施工不可能。現時点で５年延期だが現代の工法では施工不可能と言われている(中断中)

岐阜
・住宅街の地盤が一斉に沈降（最大15cm）し一部家屋は出入り不可能に。住民訴訟に発展(中断中)（おそらく15年単位）
・断層直上に土砂を置いているのが判明し住民が猛反発(中断中)
・井戸や河川の渇水(中断中)
・1ヶ月で2回、盛り土トラックが滑落し横転、睡眠不足が原因で現場労働環境に調査が入る

山梨
・ルート上にウラン鉱床(中断中)

神奈川
・車両基地の工期１５年(中断中)
・車両基地の買収見通し立たず
・盛り土の置き場未決定。牧場をでっち上げそこに捨てる計画を見破られ破綻(中断中)

東京
・田園調布の猛反発(未着工)
・町田で酸欠空気と気泡薬剤の湧出(中断中)
・目黒川で気泡薬剤の湧出(中断中)
・安全保障が確約できずいまだ品川試験エリアから出られず