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脳の障害なんだなー

脳のアンドロゲン受容体の異常でアンドロゲンを脳が受けつけない場合もあります。そうすると、「体は男性で脳は女性型」になると考えられます。
また、アンドロゲンは副腎からも分泌されるようですが、女子の場合代謝異常により副腎アンドロゲンが過剰に分泌されることで脳が男性化することもあるようです。この場合は「体は女性で脳は男性型」になると考えられます。

このように、
胎児の段階でのホルモン分泌の不具合により
体と心の性が一致しないケースが生じてしまうということです。
性同一性障害は、
医学的には以上のようなメカニズムで生じると考えられています。