新名（阿部寛）が隊長復帰を果たす中、瀬能（横浜流星）は１５年前の事件を再び調べ始めていた。

そんな折、国土交通省副大臣の長男・木下裕司（三浦獠太）が海上で行方不明になり、ＤＣＵに捜索命令が出された。新名はこれまでの捜査方針を一蹴して新たな指示を出す。すると、間もなく裕司のものとみられるゴムボートが発見されるが、そこに彼の姿はなかった。そして聞き込みで立ち寄ったサーフショップで、瀬能は学生時代の先輩・中林（藤井流星）と再会する。このサーフショップのオーナーだという中林との再会を瀬能は喜ぶが、顧客名簿提出を求められた際に中林が何か細工をしたことを新名は見逃さなかった。

捜査が続く中、新名のもとに、裕司は海上で行方不明になったのではなく誘拐されたという情報が入る。副大臣秘書の日村（栁俊太郎）によれば、２億円の身代金を要求されており、また裕司は危険ドラッグに手を出していたという。誘拐も危険ドラッグもマスコミに知られるわけにはいかない。ＤＣＵは極秘捜査に乗り出すが、厚生労働省麻薬取締部と公安からの要請で、捜査中止命令が下されてしまう。