佐賀地裁は2014年4月に漁業者（開門派）の申立により、開門に向けた制裁金（間接強制）を命令した。また長崎地裁も2014年6月に営農者（閉門派）の申立により開門時の制裁金を命令した。その結果、開門しなければ漁業者に1日45万円（福岡高裁判決）と、開門すれば営農者に1日49万円（長崎地裁仮処分）という2つの制裁金（間接強制）が確定した。国は抗告したが2015年1月の福岡高裁はいずれの決定をも支持した。国は許可抗告を行ったが、最高裁判所は2015年1月にいずれの制裁金も有効として棄却し、開門の有無に関わらず制裁金支払いが必要となる状態が確定した。

2019年9月現在で、2014年7月から漁業者に計12億3030万円が支払われている。漁民1人当たり年間730万円の額であるが、原則的に弁護団が管理している。