ヒイラギメギは大量に摂取した場合には、人体に深刻な影響を及ぼす恐れがあります。本種の根と幹の樹皮にはベルベリンというアルカロイドが含まれており、新生児の肝臓の働きを阻害して、核黄疸という深刻な脳障害を引き起こす恐れがあります。