西暦2000年、地球は超知性体ガンプに率いられたゼビウス軍の攻撃を受けた。地球よりはるかに進んだテクノロジーを有し、核兵器も含めて破壊不可能な物質イル・ドークトで武装したゼビウス軍の前に、南アメリカは制圧された。打つ手を持たない人類に、惑星ゼビウスよりシオナイトに乗り数千年ぶりに地球に帰還したムー・クラトーとアンドロイドのイヴが救いの手を差し伸べた。彼らの語るところによれば、現在地球に侵攻しつつあるガンプは、かつて紀元前12000年の地球上に存在した文明により、人類に奉仕するために創造されたバイオコンピューターであるガンプの六つのレプリカの一つに過ぎない。