宇宙戦争の余波
地球の消滅後、舞台は宇宙へ。無数の貞子が融合し、「貞子・インフィニティ」という巨大な存在に進化。一方、ゴジラは「コズミック・ゴジラ」に覚醒し、宇宙の法則そのものを破壊する力を得る。両者の戦いの衝撃波は次元を超えて他の宇宙にまで影響を及ぼし、多元宇宙の崩壊が始まる。

主人公の覚醒
主人公は宇宙ステーションに避難していたが、次元の裂け目を通じて謎の空間「コズミック・アーカイブ」に引き込まれる。そこには宇宙の歴史を記録する存在、「アーカイブ・マスター」が待っており、「君にはこの戦いを終わらせる使命がある」と告げる。主人公は「次元修復装置」と呼ばれる古代の神器を託され、それを使ってゴジラと貞子の戦いを止める方法を模索する。

貞子の目的
「貞子・インフィニティ」は、すべての次元を「無」に戻し、完全な静寂を創造することが目的だと判明。一方、ゴジラは宇宙そのものの防衛者として生まれた存在であり、貞子の目的を阻止しようとしている。しかし、ゴジラの破壊的な本能が戦いをさらに複雑にしている。

新たな同盟
人類の生き残りが集まり、かつての敵国や異星文明も協力して「多元宇宙同盟」を結成。彼らはゴジラと貞子を分離し、それぞれのエネルギーを封印するための巨大な装置「デュアル・コズミック・シール」を建設する。

決戦
クライマックスでは、主人公が次元修復装置を起動し、ゴジラと貞子を多元宇宙の中心点に誘導。多元宇宙同盟の艦隊が二人を分断しようと奮闘する中、主人公は自ら装置を操作して最終封印を試みる。ゴジラと貞子は一瞬だけ意思を示し、彼らの戦いが宇宙の均衡を保つための不可欠なプロセスだったと明かされる。

エンディング
封印が成功し、宇宙は元の秩序を取り戻すが、主人公を含む多くの存在が犠牲となる。次元の裂け目が閉じる瞬間、貞子とゴジラが再びどこかの宇宙で目覚める可能性をほの